Wenn man Bamboo z.B. auf einem JBOSS benutzen möchte, muss man die bamboo.war nach kleinen Änderungen neu verpacken, damit diese lauffähig ist. So müssen z.B. die WEB-INF/lib/activation.jar und die WEB-INF/lib/mail-1.3.2.jar entfernt werden, damit es nicht zu Classloader-Problemen kommt. Nachdem der Inhalt des Archives in einem Verzeichnis extrahiert wurde, kann mit folgenden Befehl wieder ein WAR-Archiv erstellt werden:
jar -cf atlassian-bamboo-2.1-mod.war -C atlassian-bamboo-2.1 .